Me pasaba lo mismo con la sincronización de mi iPad Retina, leí por la red una forma de solución que funcionaba en algunos iPhone 5, me resultó a mi, es mas o menos la siguiente:
1. Cuando estes sincronizando y te aparezca ese mensaje que nunca desaparece, esperando a que se apliquen los cambios, abre el menú desplegable de tu dispositivo en iTunes
2. Busca item por item, música, fotos, libros, etc y verifica qué archivos todavía no se han sincronizado, los que ya se hayan sincronizado aparecen con un signo de bien a la izquierda, los que no con un símbolo circular de bolitas
3. Vé a tu dispositivo y borra manualmente todos esos archivos que aparecen como no sincronizados, luego cancela la sincronización
4. Haz una copia de seguridad de tu dispositivo en iTunes, si puedes hacer esto es que tendrías teóricamente que poder sincronizar en el siguiente paso
5. Haz una sincronización normal, sin añadir nada nuevo, espera a que termine
6. Si hasta este paso todo va bien, podrás a partir de ahora, añadir nuevos archivos al dispositivo, hazlo uno a uno, para que si algo sale mal, sepas quién fue el que causó el problema.
Esperemos que Apple pueda resolver este problema en una actualización de iTunes futura, esto está pasando mucho desde la versión 11.